L’Établissement Lys Yser agit principalement sur les bassins versants de la Lys et de l’Yser
Le territoire couvre une superficie de 2 215 km², pour 257 communes. Il est situé au sein de la région Hauts-de-France, sur les départements du Nord pour l’Yser, et du Nord et du Pas-de-Calais pour la Lys.
Les cours d’eau principaux du territoire sont la Lys et l’Yser.
LE BASSIN VERSANT DE LA LYS
Le bassin versant de la Lys couvre une superficie de 1 834 km² pour 222 communes. Il est situé au sein de la région Hauts-de-France, sur les départements du Pas-de-Calais (172 communes) et du Nord (50 communes).
Le territoire est concerné par plus de 1 300 km de cours d’eau dont le principal est la Lys, qui prend sa source à Lisbourg, dans les collines de l’Artois, à 115 m d’altitude et s’écoule sur 44 km jusqu’à Aire-sur-la-Lys. Après son passage en siphon sous le Canal à Grand Gabarit qui traverse le bassin versant et relie la Deûle et l’Aa, elle est canalisée. La Lys parcourt 85 km en France puis 88 km en Belgique avant de se jeter dans l’Escaut à Gand.
La Lys est alimentée par de nombreux affluents tels que la Traxenne, la Laquette, la Melde et la Liauwette, pour la partie « Lys rivière ». La Lys canalisée est ensuite rejointe par la Clarence et la Lawe, en rive droite et par la Bourre, la Méteren Becque et la Becque de Saint-Jans-Cappel, en rive gauche.
Le bassin versant de la Lys est divisé en 11 sous-bassins versants.


Le territoire est concerné par la présence d’une nappe de craie sur sa partie amont, très productive, et d’une nappe des sables sur le secteur Nord, qui n’est pas exploitée pour l’alimentation en eau potable en raison de sa forte vulnérabilité aux pollutions superficielles et de sa faible productivité.
LE BASSIN VERSANT DE L’YSER
L’Yser est un cours d’eau du bassin Artois-Picardie. Situé à cheval sur la France et la Belgique, il s’écoule sur 70 km dont 30 dans le département du Nord, depuis Buysscheure pour aller se jeter dans la mer du Nord au niveau de Nieuport en Belgique.
Le bassin versant français de L’Yser couvre une superficie de 381 km² pour 39 communes. Il est situé au sein de la région Hauts-de-France, dans le départements Nord.
Le territoire est concerné par plus de 300 km de cours d’eau dont les 4 principaux sont l’Yser, la Peene Becque, l’Ey Becque et la Sale Becque
A l’origine région bocagère marécageuse, ce bassin s’est transformé pour accueillir de nouveaux habitants, des réseaux routiers, l’agriculture moderne … La plupart des cours d’eau ont été recalibrés, des zones humides alluviales ont été drainées et les milieux naturels ont été fortement artificialisés.
Le territoire est concerné par la présence d’une nappe des sables du Landénien, grande masse d’eau souterraine (2 664km²) dite « captive » car elle est couverte par une couche d’argile imperméable la protégeant efficacement des pollutions diffuses.
En effet, la nature argileuse du sous-sol induit une faible perméabilité de la nappe aquifère ce qui ne permet pas son rechargement sur le territoire de l’Yser. Elle est un peu exploitée pour l’industrie et l’agriculture.
Une ressource en eau aux usages variés
Pour la Lys, la ressource en eau est prélevée à parts quasi égales entre les eaux superficielles et souterraines, avec environ76 millions de m³ prélevés chaque année.
Ces volumes sont principalement destinés à l’alimentation en eau potable (68 % en 2022) et à l’industrie (29 %), tandis que les prélèvements pour l’irrigation, bien que minoritaires (4 %), sont en hausse depuis 2017
Le territoire est marqué par une prise d’eau potable en rivière à Aire-sur-la-Lys, qui alimente plusieurs collectivités, dont la Métropole Européenne de Lille (MEL), la Communauté d’Agglomération Lens-Liévin (CALL), la Communauté d’Agglomération du Pays de Saint-Omer (CAPSO) et la Communauté d’Agglomération Béthune-Bruay Artois Lys Romane (CABBALR)
Les prélèvements industriels et agricoles se concentrent principalement sur la ressource superficielle, tandis que la nappe de la craie est majoritairement exploitée pour l’eau potable.
Sur l’Yser, l’eau souterraine étant peu disponible sur le territoire, l’eau potable est importée majoritairement de l’Audomarois où la ressource, puisée dans la nappe de la craie, est en quantité suffisante et de bonne qualité (captages à Blendecques, Heuringhem, Lorgies et Arleux).
Cependant, les eaux de surface du bassin versant de l’Yser constituent une ressource en eau utilisée pour la production d’eau potable en Belgique au Blankaart à Dixmude.
La qualité de l’eau y est également un enjeu majeur, influencée par des facteurs historiques et les activités humaines.
Une forte vulnérabilité au risque sécheresse
La Lys, et particulièrement l’Yser, sont confrontées à des problèmes de disponibilité de la ressource en eau, notamment en période d’étiage.
Depuis plusieurs années, les bassins versants de la Lys et de l'Yser sont soumis à des restrictions d'usages via des arrêtés sécheresse, illustrant la pression exercée sur ces bassins.
Au cours de l'été 2026, l'Yser a ainsi été placée en crise sécheresse, soit le niveau de restriction maximal n'autorisant plus que les prélèvements pour l'eau potable. La Lys a quant à elle était placée en alerte renforcée sécheresse.
Des informations plus précises sur ce sujet peuvent être retrouvées sur le site vigieau.
Une forte vulnérabilité au risque d’inondation
Sur la Lys, l’urbanisation à proximité des cours d’eau a accru les enjeux exposés aux aléas climatiques. L’imperméabilisation des sols, la disparition des zones naturelles d’expansion des crues et des zones humides, ainsi que l’artificialisation des cours d’eau et l’érosion des sols ont aggravé cette vulnérabilité. Les épisodes pluvieux, plus fréquents et intenses ces dernières années, amplifient encore ces risques. En cas de crue vicennale, près de 4 000 logements, 5 établissements sensibles, 29 entreprises et 22 sites industriels dangereux sont menacés.


Sur le bassin de l’Yser, la nature du sol du territoire et les faibles pentes (mis à part la chaîne des monts) favorisent le ruissellement des eaux et les cours d’eau « gonflent » rapidement.
Les aménagements réalisés dans les années 1960-1970 (rectification, recalibrage…) ont profondément modifié le comportement du fleuve.
Le drainage modifie la dynamique des débits. L’imperméabilisation urbaine croissante ainsi que la modification des pratiques culturales accentuent les phénomènes de ruissellement.

Des inondations qui ne datent pas d’hier ...

Une frise détaillée des inondations passées sur le bassin versant de la Lys est également disponible (cliquer ici).

Une biodiversité menacée
Les bassins de la Lys et de l’Yser abritent des écosystèmes variés, mais tous deux menacés par les activités humaines et l’artificialisation des milieux.
La Lys : entre corridors biologiques et pressions urbaines
Le bassin de la Lys alterne entre zones rurales préservées (comme la vallée de la « Lys rivière ») et territoires fortement urbanisés (ancien bassin minier).
La haute vallée de la Lys, classée en ZNIEFF de types I et II, forme un corridor biologique majeur pour la migration des oiseaux et des espèces aquatiques. Ses paysages de prairies, de bois et de cours d’eau sinueux, en partie préservés, abritent une biodiversité riche.
La Lys rivière, classée en 1ère catégorie piscicole, illustre cette diversité.
À l’inverse, la plaine de la Lys, autrefois vaste zone humide, a été profondément transformée par l’urbanisation, le drainage et le recalibrage des cours d’eau. Les zones humides y sont aujourd’hui relictuelles, et le paysage, marqué par des fossés (becques), est très fragmenté. Seule la forêt de Nieppe, ancienne réserve de chasse royale, subsiste comme espace naturel majeur dans ce secteur.
L’Yser : entre zones biologiques et pressions rurales
Moins urbanisé que la Lys, le bassin de l’Yser subit cependant les impacts d’une agriculture intensive et drainée qui accentue le ruissellement et dégrade la qualité des sols et de l’eau.
Outre plusieurs ZNIEFF I, le territoire de l’Yser abrite également une ZNIEFF II et une Réserve Naturelle Régionale. Il couvre une partie du Parc naturel régional des Caps et Marais d'Opale reconnu réserve de Biosphère par l’UNESCO.
La diversité piscicole est importante avec 25 espèces connues.
Les lourdes pressions passées (curage, recalibrage, extraction de granulométrie) ont fait glisser le peuplement vers la zone aval. Le brochet et quelques cyprinidés rhéophiles sont les espèces repères aujourd’hui. L’anguille remonte de plus en plus haut sur l’Yser.