L'Établissement Lys Yser travaille depuis 2018, avec les collectivités du territoire, sur l’élaboration des Plans Pluriannuels de Restauration et d’Entretien (PPRE) des cours d’eau. Ces documents visent à assurer l’entretien régulier des cours d’eau et à mener des actions de restauration pour le bon état écologique des rivières.
Les actions de ces plans sont inscrites dans la STRAGEMA Lys.
Cette stratégie multi-partenariale orientée sur la gestion des milieux aquatiques, mise en place par l'Établissement Lys Yser depuis 2023, vise à améliorer la coordination et la complémentarité des opérations menées sur ces milieux par les différents acteurs intervenant sur la Lys et ses affluents.

Les actions relatives aux cours d’eau menées par l'Établissement Lys Yser s’inscrivent dans le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau. Elles ont toujours pour objectifs de :
- Maintenir le cours d’eau dans son profil d’équilibre ;
- Permettre l’écoulement naturel des eaux ;
- Contribuer à son bon état (ou potentiel) écologique.
Élaboration des PPRE
L’entretien régulier des cours d’eau est une obligation des propriétaires riverains, conformément à l’article L.215-14 du Code de l’Environnement.
Les collectivités compétentes en Gestion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations (GEMAPI) peuvent se substituer aux propriétaires riverains et intervenir sur ces milieux, en cas d’urgence ou sous couvert d’une Déclaration d’Intérêt Général (DIG). Le propriétaire riverain reste, toutefois, responsable, en cas de défaut d’entretien.
Les Plans Pluriannuels de Restauration et d’Entretien des cours d’eau (PPRE) sont des programmes qui définissent les actions d’entretien à réaliser, ainsi que les actions de restauration des rivières, mais aussi des berges et des milieux annexes, nécessaires à leur bon fonctionnement (Espace de Bon Fonctionnement).
Ces outils de programmation donnent une visibilité technique et financière sur 10, voire 20 ans. Ils intègrent un dossier règlementaire (Loi sur l’Eau et Déclaration d’Intérêt Général), nécessaire à leur mise en œuvre.
Mise en œuvre des PPRE
Certaines collectivités du territoire délèguent à l'Établissement Lys Yser la réalisation des travaux d’entretien et de restauration inscrits aux PPRE. C’est le cas de Ternois Com, de la CCHPM, de la CAPSO et de la CCCA.
Les actions d’entretien qui sont réalisées sont les suivantes : l’enlèvement raisonné des embâcles, déchets et atterrissements; l’entretien de la végétation présente sur les berges (élagage, abattage des arbres penchés ou malades, étêtage, élimination des espèces exotiques envahissantes) ou dans le cours d’eau (faucardage), dans le respect de la réglementation et des écosystèmes.
La restauration consiste à redonner aux cours d’eau un profil d’équilibre qui leur permet de remplir leurs fonctions, d’améliorer la qualité de l’eau et des milieux, de limiter les inondations et d’accueillir une faune et une flore riches.




À ce jour, l'Établissement Lys Yser entretient 169,5 kilomètres de cours d'eau pour le compte de Ternois Com, de la CCHPM, de la CAPSO et de la CCCA et a réalisé différents travaux visant à stabiliser les berges et à améliorer la qualité de l'eau et des milieux aquatiques :
- Plantation de 1,18 km de ripisylve
- Installation de 103 abreuvoirs
- Installation de 4,17 km de clôtures avec passages d'homme
- Installation de 2 passerelles pour bovins

Rétablissement de la Continuité Écologique
Nos rivières sont jalonnées de multiples vannages, barrages ou seuils, le plus souvent en mauvais état et inutilisés.
Ces ouvrages favorisent l’accumulation d’embâcles qui entravent l’écoulement des eaux et empêchent la libre circulation des espèces (poissons et autres) et des sédiments (nécessaires pour le maintien d’un profil d’équilibre). De plus, ils sont responsables d’une dégradation de la qualité de l’eau et des milieux, et peuvent aggraver la vulnérabilité des biens riverains, en cas d’inondation.
C’est pourquoi, l'Établissement Lys Yser cherche à supprimer, restaurer ou équiper ces ouvrages, tout en préservant le patrimoine bâti qui y est parfois associé. Avec l’accord des propriétaires, le syndicat étudie les différents scénarios techniques possibles puis pilote les travaux qui sont intégralement financés par des fonds publics.
